▏ 服務(wù)原理

研究PCR技術(shù)從1983年開始依次經(jīng)歷普通PCR，Real-Time PCR和dPCR，現(xiàn)如今dPCR技術(shù)的發(fā)展就像1990年代末的Real-Time PCR發(fā)展一樣，發(fā)展迅猛。
下面我們以DdPCR為例，討論dPCR技術(shù)。

什么是DdPCR? 有什么技術(shù)特征？有哪些方面的應(yīng)用？
DdPCR全稱Droplet Digital PCR，引用bio-rad的描述為Droplet Digital PCR technology is a digital PCR method utilizing a water-oil emulsion droplet system. Droplets are formed in a water-oil emulsion to form the partitions that separate the template DNA molecules. The droplets serve essentially the same function as individual test tubes or wells in a plate in which the PCR reaction takes place, albeit in a much smaller format. The massive sample partitioning is a key aspect of the ddPCR technique.



從基本原理我們不難看出，DdPCR最大的優(yōu)點(diǎn)是絕對定量，表現(xiàn)為：

· 絕對定量 -ddPCR技術(shù)無需輸入標(biāo)準(zhǔn)曲線即可提供每個輸入樣品的目標(biāo)DNA拷貝的絕對計數(shù),使該技術(shù)非常適合目標(biāo)DNA的測量，病毒載量分析和微生物定量；
· 較高的精確度 – ddPCR提供的大量樣品分配功能可以可靠地測量樣品中靶DNA序列拷貝數(shù)的微小差異；
· 提高信噪比 -稀釋高拷貝模板和背景，有效富集靶標(biāo)陽性分區(qū)中的模板濃度，從而可以靈敏地檢測稀有靶標(biāo)，并實(shí)現(xiàn)±10％的定量精度，靈敏度可達(dá)單個核酸分子，檢測限低至0.001%；
· 消除PCR偏差 -消除qPCR的擴(kuò)增效率依賴性，降低了錯誤率，可檢測到小的（1.2倍）差異，這里需要指出的是；
· 降低了耗材成本 -反應(yīng)體積在皮升至納升的范圍內(nèi)，減少了試劑的使用和每個數(shù)據(jù)點(diǎn)所需的樣品量，對于珍貴的樣品尤其適用；
· 降低設(shè)備成本 -基于乳液的反應(yīng)系統(tǒng)意味著PCR反應(yīng)可以在標(biāo)準(zhǔn)的熱循環(huán)儀中進(jìn)行，而無需復(fù)雜的芯片或微流體。
· 出色的分區(qū) -ddPCR技術(shù)每20 µl樣品可產(chǎn)生20,000個液滴，在96孔板上可進(jìn)行近200萬個分區(qū)PCR反應(yīng)，分區(qū)數(shù)量越多，精度越高。

▏ 服務(wù)應(yīng)用

DdPCR技術(shù)有很多方面的應(yīng)用，我們按照發(fā)表文章的領(lǐng)域，可以簡單劃分為：



結(jié)合腫瘤領(lǐng)域，我們一般與之相關(guān)的有4個領(lǐng)域的應(yīng)用：
1. 檢測Gene Expression，主要是檢測mRNA的定量分析；
2. 檢測Mutation（SNV和Indel），可以檢測拷貝數(shù)，也可以檢測比率；
3. 檢測CNV（拷貝數(shù)變異分析），相對定量；
4. 檢測Fusion，可以檢測拷貝數(shù)，也可以檢測比率；

▏ 案例展示

      科佰生物針對以上應(yīng)用開發(fā)對應(yīng)的檢測試劑盒，配套科佰生物的參考品，對試劑盒做性能評價，如下我們以EGFR T790M為例：

 

 

實(shí)驗(yàn)一：LOB空白限測試

 

 

 

待測樣本：20個陰性樣本和1個NTC。分別將投入量設(shè)置為10ng和40ng，每個樣本做兩個重復(fù)進(jìn)行Bio-Rad數(shù)字PCR檢測。

 

 

由上數(shù)據(jù)可見：無論是10ng還是40ng，LOB控制在2拷貝以內(nèi)（一般噪音拷貝為5以內(nèi)），雜點(diǎn)不呈現(xiàn)劑量的依賴，是隨機(jī)產(chǎn)生的噪音信號。

 

 

實(shí)驗(yàn)二：準(zhǔn)確性測試

 

 

 

待測樣本：10個NGS驗(yàn)證為陽性的樣本（編號1-10）;  10個NGS驗(yàn)證為陰性的樣本（編號11-20）。對20個樣本分別使用數(shù)字PCR檢測。

 

 

由上數(shù)據(jù)可見：

①測試10個NGS陽性樣本,檢測結(jié)果均為陽性，陽性符合率100%，并定量檢出變異頻率。

②測試10個NGS陰性樣本,檢測結(jié)果均為陰性，陰性符合率100%，定值變異頻率均為0%。

 

 

實(shí)驗(yàn)三：線性范圍測試

 

 

 

1、投入量與拷貝數(shù)、頻率之間的線性測試

首先選取50%突變頻率的EGFR T790M標(biāo)準(zhǔn)品(CBP10402)，該標(biāo)準(zhǔn)品是通過基因編輯，二等位基因，CN=2，編輯一條為mutation，一條為WT，經(jīng)過理論值計算、Sanger測序、Bio-Rad DdPCR試劑盒（Assay ID: dHsaCP2000019）共同驗(yàn)證，確認(rèn)為50%的頻率。

 

1.1 投入量在0.1ng~200ng間設(shè)置10個梯度，進(jìn)行數(shù)字PCR檢測（2復(fù)孔），分別考量FAM拷貝數(shù)與投入量是否線性相關(guān)、VIC拷貝數(shù)與投入量是否線性相關(guān)；

 

1.2 投入量在0.1ng~200ng間設(shè)置10個梯度，進(jìn)行數(shù)字PCR檢測（2復(fù)孔），判斷是否滿足%AF=50±10%波動。

 

 

由上數(shù)據(jù)可見：

①200 ng投入量過大，拷貝數(shù)不呈現(xiàn)線性，雖然滿足45-55%范圍，但是不適合做單一通道的拷貝數(shù)判定；

②0.1 ng投入量過小，拷貝數(shù)不呈現(xiàn)線性，同時42.59%也低于45%，不適合做單一通道，也不適合做雙通道；

因此：范圍為0.5-100ng。

 

2、線性稀釋不同頻率理論值與檢測值的線性測試

根據(jù)以上結(jié)論，我們選取10ng作為進(jìn)一步的%AF線性范圍探索，首先使用EGFR T790M的對應(yīng)的陰性標(biāo)準(zhǔn)品，對50%的標(biāo)準(zhǔn)品進(jìn)行有限稀釋，0.1%-50%間設(shè)置9個AF梯度，進(jìn)行數(shù)字PCR檢測（2復(fù)孔）。

 

 

由上數(shù)據(jù)可見：在10ng的投入量下，AF%呈現(xiàn)非常好的線性稀釋，存在波動，但是都在誤差范圍內(nèi)。

 

 

實(shí)驗(yàn)四：檢測限測試

 

 

 

我們可以通過理論計算來預(yù)測下可能的檢測限范圍。當(dāng)控制拷貝在15000（對應(yīng)50ng input）以內(nèi)時LOB數(shù)據(jù)是2，2/15000=0.0133%，預(yù)測檢測限為0.0200%。

 

在如此低頻的情況下，臨床適用場景適合ctDNA，一般來說臨床上10ml全血，一般中位值ctDNA是20-40ng，取最低值20ng。20ng 理論值6000個拷貝數(shù)，2/6000=0.0333%，預(yù)測檢測限為0.0500%。

 

0.05%的誤差范圍是±50%，就是0.025-0.075%，因此我們選擇3個點(diǎn)，探尋LOD分別為 0.010%、0.050%、0.100%，要求95%檢出。

 

0.010%  

對20個0.01%的樣本進(jìn)行數(shù)字PCR檢測，觀察在0.005-0.015%以內(nèi)是否達(dá)成95%檢出。

 

0.05%  

對20個0.05%的樣本進(jìn)行數(shù)字PCR檢測，觀察在0.025-0.075%以內(nèi)是否達(dá)成95%檢出。

0.1%  

對20個0.1%的樣本進(jìn)行數(shù)字PCR檢測，觀察在0.05-0.15%以內(nèi)是否達(dá)成95%檢出。

 

由上數(shù)據(jù)可見：選擇0.05%作為該檢測試劑盒的檢測限LOD。

 

 

實(shí)驗(yàn)五：精密度測試

 

 

 

選取強(qiáng)陽性2%樣本20個，中陽性1%樣本20個，弱陽性0.2%樣本20個分別進(jìn)行數(shù)字PCR檢測。

 

由上數(shù)據(jù)可見：強(qiáng)陽性2% 、中陽性1% 、弱陽性0.2%三種檢測體系下，誤差均在合理的范圍內(nèi)，精密度良好。

 

 

實(shí)驗(yàn)六：回收率測試

 

 

 

首先使用EGFR T790M的對應(yīng)的陰性標(biāo)準(zhǔn)品，對50%的標(biāo)準(zhǔn)品進(jìn)行有限稀釋，每個梯度使用陰性樣本兩倍稀釋，接著對11個樣本進(jìn)行檢測。

 

由上數(shù)據(jù)可見：當(dāng)AF在0.05%-50%范圍內(nèi)，對應(yīng)的回收率在80-120%范圍，符合預(yù)期。

 

 

實(shí)驗(yàn)七：重復(fù)性測試

 

 

 

取10個不同AF（1%~50%）的標(biāo)準(zhǔn)品樣本，分別安排實(shí)驗(yàn)員A、實(shí)驗(yàn)員B在同一天，每人進(jìn)行四次檢測。

 

由上數(shù)據(jù)可見：EGFR T790M檢測體系是穩(wěn)定可重復(fù)的檢出的。

 

 

實(shí)驗(yàn)八：重現(xiàn)性測試

 

 

 

取10個不同AF（1%~50%）的標(biāo)準(zhǔn)品樣本，分別安排①實(shí)驗(yàn)員A、實(shí)驗(yàn)員B在同一天進(jìn)行每人四次實(shí)驗(yàn)測試；②實(shí)驗(yàn)員A在第一天、第二天分別進(jìn)行四次實(shí)驗(yàn)測試；③實(shí)驗(yàn)員A在第一天進(jìn)行四次實(shí)驗(yàn)測試，實(shí)驗(yàn)員B在第二天進(jìn)行四次實(shí)驗(yàn)測試。

由上數(shù)據(jù)可見：EGFR T790M檢測體系是穩(wěn)定可重復(fù)的在不同人、不同時間檢出，重現(xiàn)的。

 

      科佰生物已經(jīng)開發(fā)了多款dPCR試劑盒檢測體系，并利用自身的標(biāo)準(zhǔn)品進(jìn)行了性能驗(yàn)證?？捎糜诨蛲蛔?，融合，拷貝數(shù)變異等的檢測。同時，我們可以提供dPCR檢測的科研服務(wù)，基于其絕對定值、精準(zhǔn)定量的強(qiáng)大優(yōu)勢，為客戶的樣本檢測提供優(yōu)質(zhì)服務(wù)。